一、股权转让合同要明确约定逾期办理工商变更的违约责任，可以约定按逾期每日一定固定数额或者按照转让价款一定比例(如等同于银行贷款利率的万分之四)的方式计算违约金，加大对出让方违约责任的惩罚力度促使其及时办理变更。
二、要及时和出让股东外的其他股东联系，了解他们对股权出让的态度，是否同意股权转让给股东外第三人、是否行使等等，必要时可要求参加公司的股东会表决，实时监督。或者，由出让方对公司股东会同意股权转让作出承诺或担保。
三、在前期意向性协议及股权转让合同中明确约定，如果由于出让方的原因导致转让无法履行的，应当赔偿所发生的全部损失及评估、等费用。
四、可以采取先办理工商变更再付款的方式来确保股权转让资金的安全。
五、可以也约定出让方逾期不办理工商变更登记的属于合同重大违约，受让方有权单方解除合同并且出让方应当返还全部已付资金并承担全部损失赔偿义务。
六、可以办理由银行或者公证机构参与的资金第三方监管形式来支付款项。待工商登记完成后再由第三方将资金支付给出让方。
七、前期的尽职调查要尽可能详细，调查的重点一是公司的主体合法性问题，特别是股东持有的股权合法性问题以及按照法律或公司章程中是否有限制股权转让的规定。二是公司的债权债务和资产、财务状况，可以聘请专业的会计师事务所进行，调查的关键是股东隐瞒或者未披露的债务问题。三是原股东的出资缴纳和验资情况，防止出现出资不实、抽逃出资的情况。
八、聘请律师对公司合同及履约、行政、人力资源管理情况进行审查，对企业常见的合同违约、劳动仲裁赔偿等法律风险预先做出评估。
九、和对方协商，预留一部分资金作为隐瞒债务或其他违约责任的赔偿金，或者约定如果出现违约情况，出让方应当继续承担责任并明确承担责任的方式。
十、对于出让方的任何承诺和声明都需要写进合同加以约束，特别是出让方公司股东们放弃购买股权的声明，还有近两年的正常纳税申报情况，最重要的就是无债务声明签字盖章加到合同附件，明确接手后的公司是一家信用良好的企业，无隐瞒的不良记录。
在制订股权转让协议时，应当全面考虑相关事项尤其是核心重大条款务必明确，才能有力保障转让方或受让方各自的权利义务，避免风险和纠纷。股权转让中需要特别注意的核心重大条款包括但不限于：
1、转让的股权比例、对价、支付期限（这是基本的，一般都会作出约定）；
2、双方对公司原债权债务的分配和承担，尤其注意股权转让时注册资本的
认缴和实缴状况，如均已实缴应依法分配和承担，如未实缴或未缴足应如何分配和承担（这个很重要，关系到转让后原股东对公司债权人的连带责任与否，乃至在执行阶段被追加执行与否，详见《公司法》解释三相关条款）；
3、转让后就股权变更登记双方的权利义务等（不登记不会影响协议效力，但对第三人责任不同）；
4、有无股权代持的情况，应如何处理（要调查清楚，否则会因被代持人发生纠纷，甚至对股权转让协议产生影响）；
5、股权转让产生的印花税、个人所得税、营业税等应如何承担和缴纳（如果不约定首先影响交易成本，其次易发生纠纷）；
6、股东优先购买权的处理和股东会决议的效力状况会影响股权转让协议的效力；
7、公司章程的真实性合法性及其重要内容如认缴资本的期限等。
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